DEFINITIONS, CLASSIFICATION ET NOMENCLATURE DES BACTERIES
PLACE DES BACTERIES DANS LE MONDE VIVANT
En 1673, Antoni Van Leeuwenhoek (1632-1723) fut le premier à observer les bactéries qu’il appela animalcules. En plus de la première description des globules rouges et des spermatozoides, ce drapier hollandais observa pour la première fois les bactéries et décrivit leur différentes formes.
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Ce n’est que deux siècles plus tard que le rôle des bactéries dans les processus de fermentation et dans la transmission des bactéries a été découvert et que leur étude a commencé. Les scientifiques les plus illustres de cette époque furent Louis Pasteur et Robert Koch.
L’universalité du code génétique a montré que tous les organismes vivants, eucaryotes et procaryotes, descendent d’un seul et même ancêtre. L’étude de gènes existants chez tous les êtres vivants, du fait de fonctions métaboliques particulièrement importantes, comme ceux codant pour les ARN ribosomiques, a montré que leurs séquences ont peu varié au cours des âges et que la comparaison de ces séquences permet de trouver les relations existant entre organismes.
Les procaryotes, présents à l’origine de la vie, ont donné naissance aux Archaebactéries et aux Eubactéries donnant le classement suivant :
- la branche des Eucarya (ou eucaryotes avec 4 règnes : animal, végétal, champignons, et protistes),
- la branche des Archaea (archaebactéries vivant dans les milieux hostiles : méthanogènes, halophiles, Sulfolobus),
- la branche des Eubacteria (bactéries proprement dites).
Grâce aux études comparatives, il est proposé un autre classement, plus ou moins arbitraire, des formes de vie en 5 règnes, tous issus directement d’un ancêtre commun :
- les Monères (ensemble des procaryotes, cellules sans noyau),
- les Protistes (ensemble des procaryotes unicellulaires avec noyau),
- les Mycètes (ou champignons, qui regroupent les organismes eucaryotes hétérotrophes et possédant une paroi),
- les Végétaux (organismes autotrophes avec paroi),
- les Animaux (organismes eucaryotes hétérotrophes sans paroi).
La séparation entre les Monères et les autres règnes est facile. Les limites entre les quatre autres règnes sont plus floues.
Dans aucune classification, les virus ne forment un règne en tant que tel. Ils ne sont pas considérés comme des êtres vivants. Les virus sont classés en ordre, famille, genre, et espèce.
De nombreuses théories existent sur la phylogénie des êtres vivants : l’arbre phylogénique représenté ici exprime l’une des théories.
Organisation des cellules eucaryotes et procaryotes
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